Departemen Matematika FMIPA UGM didirikan pada tanggal 19 September 1955 bersamaan dengan berdirinya fakultas yang mengasuh bidang Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam dengan SK Menteri Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan No.53759/Kab, tanggal 15 September 1955. Dalam surat keputusan itu disebutkan bahwa fakultas tersebut masih merupakan gabungan dengan Fakultas Teknik sehingga diberi nama Persatuan Fakultas Ilmu Pasti dan Alam dan Fakultas Teknik. Pada saat itu, Fakultas Ilmu Pasti dan Alam baru mempunyai satu bagian yaitu Bagian Ilmu Pasti. Sejak tanggal 1 September 1956, Fakultas Ilmu Pasti dan Alam (disingkat FIPA) mulai memisahkan diri dari Fakultas Teknik. Pada awal berdirinya, Departemen Matematika (yang pada waktu itu bernama Bagian Ilmu Pasti) hanya mempunyai 3 orang dosen, yaitu Prof. Ir. RMJT Soehakso, Prof. Drs. R. Wirasto dan Drs. RM Wasisto Suryodiningrat, M.Sc.
Pada tahun 1987/1988 berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No.22/DIKTI/Kep/1985 mulai dikenal istilah Program Studi, dan Departemen Matematika ditetapkan sebagai Departemen yang menyelenggarakan tiga (3) Program Studi (PS) yaitu PS S1 Matematika, PS S1 Statistika, dan PS S1 Ilmu Komputer. Tahun 1992/1993 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No.128/Dikti/KEP/1992 tanggal 11 April 1992, Departemen Matematika membuka PS S2 Matematika. Selanjutnya pada tahun 1993/1994 Departemen Matematika membuka Program Studi S3 Matematika berdasarkan pada SK Dirjen DIKTI No.580/DIKTI/Kep/1993 tentang pemberian ijin penyelenggaraan program studi magister dan doktor di UGM.
Dalam perjalanannya, penyelenggaraan PS S3 Matematika UGM juga berdasarkan pada:
- SK Rektor UGM No.89/P/SK/HT/2006 tentang penyelenggaraan program pascasarjana di UGM, dibedakan menjadi program studi multi disiplin dan mono disiplin.
- SK Dirjen DIKTI No. 153/DIKTI/Kep/2007 tentang penataan dan penetapan kembali ijin penyelenggaraan program studi pada UGM, termasuk program pascasarjana.
- SK Rektor UGM No. 526/P/SK/HT/2008 tanggal 21 Nopember 2008 tentang penataan dan penetapan kembali ijin penyelenggaraan program studi pada UGM.
Mulai tahun akademik 2009/2010 Semester II, PS S1, S2 dan S3 Ilmu Komputer bergabung dengan PS S1 Elektronika dan Instrumentasi Departemen Fisika untuk mendirikan Departemen tersendiri yang disebut Departemen Ilmu Komputer dan Elektronika (JIKE) sebagai Departemen ke empat di FMIPA UGM. Dengan demikian mulai tahun 2009/2010 Semester II, Departemen Matematika hanya mengasuh 4 (empat) Program Studi, yaitu PS S1 Matematika, PS S1 Statistika, PS S2 Matematika, dan PS S3 Matematika.
Status akreditasi BAN PT Program Studi-Program Studi di Departemen Matematika tersebut adalah:
Akreditasi S1 Matematika:
- Tahun 1997 memperoleh nilai A (baik sekali), seperti tertuang dalam SK BAN PT No: 001/ BAN PT/Ak-I/VIII/1998 tertanggal 11 Agustus 1998.
- Tahun 2003 memperoleh nilai A (baik sekali) dengan SK BAN-PT No.014/BAN-PT/Ak-VII/S1/IV/2004 tertanggal 21 April 2004.
- Tahun 2009 memperoleh nilai A (baik sekali), Nilai:385 dengan SK BAN-PT No. 023/BAN-PT/Ak-XII/S1/VIII/2009 tertanggal 13 Agustus 2009.
Akreditasi S1 Statistika:
- Tahun 1997 memperoleh nilai A (baik sekali) seperti tertuang dalam SK BAN PT No: 001/ BAN PT/Ak-I/VIII/1998 tertanggal 11 Agustus 1998.
- Tahun 2003 memperoleh nilai A (baik sekali) dengan SK BAN-PT No. 015/BAN-PT/Ak-VII/S1/V/2004 tertanggal 7 Mei 2004.
- Tahun 2009 memperoleh nilai A (baik sekali), Nilai:375 dengan SK BAN-PT No.0 23/BAN-PT/Ak-XII/S1/VIII/2009 tertanggal 13 Agustus 2009.
Akreditasi S1 Ilkom:
- Tahun 1997 memperoleh nilai A (baik sekali).
- Tahun 2003 memperoleh nilai A (baik sekali)
- Tahun 2009 memperoleh nilai A (baik sekali), Nilai:374 dengan SK BAN-PT No. 034/BAN-PT/Ak-XII/S1/XI/2009 tertanggal 13 Nopember 2009.
Akreditasi S2 Matematika:
- Tahun 2000 dengan nilai U/Unggul/Baik Sekali, Nilai 3.9, dengan SK BAN-PT. No.025/BAN-PT/Ak-I/S2/2000 tertanggal 13 September 2000, dan
- Tahun 2005 dengan nilai A/Baik Sekali, Nilai:4.6, dengan SK BAN PT. No.012/BAN-PT/Ak-IV/S2XII/2005 tertanggal 22-12-2005.
- Tahun 2011 Program Studi S2 sudah mengusulkan akreditasi dan semua berkas akreditasi sudah diterima BAN PT tertanggal 25 Januari 2011 dengan surat penerimaan BAN PT No.25/397/141/S2/2011, evaluasi kecukupan dan evaluasi lapangan (visitasi) telah dilakukan dan tinggal menunggu keputusan final.
Akreditasi S3 Matematika:
Untuk Program Studi S3 Matematika baru pertama kali mengajukan akreditasi ke BAN PT bulan Juli 2010, telah divisitasi 18 Oktober 2010, dan akhir tahun 2010 telah berhasil mendapatkan nilai A (baik sekali), Nilai:373, dengan SK No.015/BAN-PT/Ak-IX/S3/XII/2010 tertanggal 30 Desember 2010.
Pengurus Departemen Matematika sejak berdirinya pada 19 September 1955
hingga sekarang menurut catatan Soedirdjo (1993) adalah sebagai berikut :
Periode 1955-1972.
Ketua Departemen : Prof. Ir. RMJT Soehakso
Periode 1972-1973.
Ketua Departemen : Prof. Drs. R. Soemantri
Sekretaris Departemen : Prof. Drs. Setiadji, S.U.
Periode 1973-1975.
Ketua Departemen : Prof. Drs. R. Soemantri
Sekretaris Departemen : Prof. Dr. Bambang Soedijono
Periode 1975-1978.
Ketua Departemen : Drs. Wardiman
Sekretaris Departemen : Prof. Dr. Bambang Soedijono
Periode 1978-1979.
Ketua Departemen : Prof. Dr. Soeparna Darmawijaya
Sekretaris Departemen : Prof. Drs. Suryo Guritno, M.Stats, Ph.D
Periode 1979-1980.
Ketua Departemen : Prof. Dr. Soeparna Darmawijaya
Sekretaris Departemen : Drs. Sardjono, S.U.
Periode 1980-1981.
Ketua Departemen : Drs. Praptono, M.A.
Sekretaris Departemen : Prof. Drs. Subanar, Ph.D
Periode 1981-1982.
Ketua Departemen : Drs. Praptono, M.A.
Sekretaris Departemen : Dra. Sri Pangesti, S.U.
Periode 1982-1986.
Ketua Departemen : Drs. B. Susanta
Sekretaris Departemen : Prof. Drs. Setiadji, S.U.
Periode 1986-1990.
Ketua Departemen : Drs. B. Susanta
Sekretaris Departemen : Drs. Sardjono, S.U.
Periode 1990-1993.
Ketua Departemen : Prof. Dr. Soeparna Darmawijaya
Sekretaris Departemen : Prof. Drs. Subanar, Ph.D
Periode 1993-1996.
Ketua Departemen : Prof. Dr. Soeparna Darmawijaya
Sekretaris Departemen : Prof. Dr. Sri Haryatmi, M.Sc
Periode 1996-1997.
Ketua Departemen : Prof. Dr. Soeparna Darmawijaya
Sekretaris Departemen : Prof. Drs. Subanar, Ph.D
Periode 1997-1999.
Ketua Departemen : Prof. Dr. Soeparna Darmawijaya
Sekretaris Departemen : Prof. Dr.rer.nat Sri Wahyuni, S.U.
Periode 1999-2003.
Ketua Departemen : Prof. Dr.rer.nat Sri Wahyuni, S.U.
Sekretaris Departemen : Drs. H. Yusuf, MA
Periode 2003-2005.
Ketua Departemen : Prof. Dr.rer.nat Sri Wahyuni, S.U.
Sekretaris Departemen : Drs. H. Yusuf, MA
Periode 2005-2007.
Ketua Departemen : Prof. Dr.rer.nat Widodo, MS.
Sekretaris Departemen : Drs. H. Yusuf, MA
Periode 2007-2011.
Ketua Departemen : Prof. Dr.rer.nat Widodo, MS.
Sekretaris Departemen : Drs. Danardono, MPH, Ph.D
Periode 2011-2013.
Ketua Departemen : Dr.rer.nat Lina Aryati, MS.
Sekretaris Departemen : Dr. Gunardi, M.Si.
Periode 2013-2016.
Ketua Departemen : Prof. Dr. Sri Wahyuni, S.U.
Sekretaris Departemen : Dr. Gunardi, M.Si.
Periode 2016-2017.
Ketua Departemen : Dr. Gunardi, M.Si.
Sekretaris Departemen : Dr.rer.nat. Indah Emilia Wijayanti, M.Si.
Periode 2017-2021
Ketua Departemen : Dr.rer.nat. Ari Suparwanto, M.Si.
Sekretaris Departemen : Prof. Dr.rer.nat. Indah Emilia Wijayanti, M.Si.
Periode 2021
Ketua Departemen : Dr. Fajar Adi Kusumo, S.Si., M.Si.
Sekretaris Departemen : Dr. Nanang Susyanto, S.Si., M.Sc., M.Act.Sc.
Periode 2022-sekarang
Ketua Departemen : Dr. Nanang Susyanto, S.Si., M.Sc., M.Act.Sc.
Sekretaris Departemen : Dr. Noorma Yulia Megawati, S.Si., M.Sc., M.Act.Sc.